Καθώς το στερεοσκοπικό 3D προωθείται σαν το επόμενο βήμα στην τεχνολογία του home theater, οι μακροπρόθεσμες επιπτώσεις του στην υγεία δεν είναι σαφείς. Μερικοί έχουν παραπονεθεί για πονοκεφάλους, θολή όραση και άλλες παρενέργειες.
Η Sony -που αναμφίβολα θέλει να παίξει εκ του ασφαλούς- έχει εκδόσει προειδοποιήσεις που λένε πως δεν πρέπει να αγνοηθούν αυτά τα προβλήματα. Στο τελευταίο Playstation 3 Terms of Service συμβουλεύει οποιονδήποτε αντιμετωπίζει πόνο στο μάτι, κούραση ή ναυτία να κλείσουν αμέσως το 3D. Μπορούν όμως οι παίκτες να συνεχίσουν το παιχνίδι μόλις φύγουν τα συμπτώματα.
Πάντως δεν είναι ξεκάθαρο σε ποιά έρευνα βασίζεται η δήλωση της Sony, αλλά σίγουρα δεν είναι η μόνη εταιρία με τέτοια ανησυχία. Η Nintendo έχει δηλώσει πως το νέο 3DS θα προτρέπει τα παιδιά κάτω των 7 ετών να χρησιμοποιούν τη συσκευή μόνο σε 2D mode. Επίσης και η Samsung έχει βγάλει ανακοίνωση πως η προβολή 3D θα πρέπει να αποφεύγεται "εάν χρειαζόμαστε ύπνο ή έχουμε καταναλώσει αλκοόλ".
